پس از امنيت، دومين چالش در برابر دولت افغانستان، فساد گسترده ي اداري و مالي است. در اسباب و علل اين فساد بي سابقه، بسيار گفته شده است؛ اما به نظر ما عمده ترين دليل، ساختار نظام متمركز اداري و سياسي حاكم بر كشور است. اين ساختار طوريست كه رئيس دولت، در عين حال رئيس حكومت نيز مي باشد؛ امری که باعث شده توازن و تعادل ميان هر سه قوه – كه از شرايط لازمي اِعمال دموكراسي و تامين عدالت است – بر هم بخورد؛ قوه ي اجرايي از صلاحيت و امكانات بيشتر – نسبت به قوه هاي قضايي و تقنيني – برخوردار گردد، و بدين وسيله بر آنان اعمال نفوذ نموده، صلاحيتهاي شان را محدود ساخته، استقلال نسبي شان را سلب نمايد.